Lidhja Shqiptare e Prizrenit kishte programet e saja politike. Nëpërmjet këtyre programeve projektohej e ardhmja e kombit shqiptar, raporti i shqiptarëve me fqinjët dhe me Perandorinë Osmane.
Qysh në ditët e para, në kuvendin e Lidhjes së Prizrenit, delegatët pjesëmarrës ishin të ndarë në dy grupe për nga pikëpamja e tyre politike. Njëri krah politik ishte krahu i sulltanistëve të cilët dëshironin që lidhja të kishte karakter islamik duke ia nënshtruar organizatën krejtësisht interesave të sulltanit osman, dhe nga ana tjetër ishin krahu i delegatëve atdhetarë të cilët dëshironin që ta krijonin një lidhje me karakter kombëtar.
Aktet e para të Kuvendit të Përgjithshëm ishin: një peticion për çështjen shqiptare, dërguar Kongresit të Berlinit, një peticion dërguar Portës së Lartë, Karanameja (akti i vendimeve – kanuni) dhe Talimati (urdhëresa). Me anë të këtyre peticioneve kërkohej nga Kongresi i Berlinit dhe nga qeveria osmane të mos u jepeshin shteteve fqinjë asnjë pëllëmbë tokë nga atdheu i shqiptarëve. Përveç kësaj në peticionin që iu dërgua qeverisë osmane, parashtrohej kërkesa për ti bashkuar të gjitha trevat shqiptare në një vilajet të vetëm shqiptar. Por kjo kërkesë për një vilajet të bashkuar nuk u përfshi më pas në aktet tjera të Karanamesë dhe Talimatit të miratuara nga kuvendi i Prizrenit më 17 qershor 1878. Kjo shpjegohet me ndikimin e qarqeve konservatore në punimet e vendimet e kuvendit, të cilat nuk ishin të interesuara për ndryshime të raporteve të shqiptarëve me Perandorinë Osmane.
Kanuni i lidhjes – Karanameja, sanksionoi formimin e Lidhjes së Prizrenit si organizatë politike shqiptare dhe përcaktoi detyrat e saj të ngutshme. Megjithatë, ky dokument nuk iu shmang disa formulimeve kontradiktore, ku me insistimin e delegatëve të linjës patriotike u caktuan dispozita që i shërbenin çështjes kombëtare shqiptare dhe të njëjtën kohë binin ndeshë me interesat e Portës së Lartë. Kështu në nenin 1 të këtij dokumenti thuhej se Lidhja e Prizrenit do të luftonte për mbrojtjen e tërësisë tokësore të Perandorisë Osmane, me anë të cilit qëndrim nënkuptohej mbrojtja e tërësisë tokësore të tokave shqiptare. Ndërsa në nenin 6 shpallej në formë edhe më të qartë ku thuhej se lidhja do të luftonte vetëm në mbrojtjen e tokave që rrezikoheshin nga Serbia, Mali i Zi dhe Bullgaria, por jo në mbrojtje të tokave jo shqiptare të cilat i rrezikoheshin Perandorisë Osmane nga Austro – Hungaria dhe Rusia.
Një dokument tjetër që u miratua me 17 qershor 1878 ishte Talimati (urdhëresa) ku trajtoheshin aspektet organizative dhe ushtarake të Lidhjes së Prizrenit. Në urdhëresë flitej se lidhja do ta formonte një administratë qendrore në Prizren, të përbërë nga përfaqësues të çdo sanxhaku. Krahas kësaj administrate do të krijohej edhe një ushtri e shkëputur nga ajo e Portës së Lartë e cila do të varej drejtpërdrejtë nga Lidhja e Prizrenit. Nëpërmjet Karanamesë, delegatët shpallën Prizrenin kryeqytet të lidhjes.
Programi i fundit politik i Lidhjes së Prizrenit ishte Kanuni i Ri i miratuar më 2 korrik 1878. Kanuni i Ri shpalli botërisht organizatën e formuar në Prizren si Lidhje Shqiptare dhe organin e saj qendror e quajti Komitet Kombëtar. Kanuni i Ri ishte i pastruar nga çdo formulim me karakter islamik dhe nga ideja e besnikërisë ndaj Perandorisë Osmane që kishin pasur vend në Karaname. Në të thuhej se lidhja do të luftonte për të drejtat kombëtare të Shqipërisë dhe se veprimtarinë e saj do të shtrinte vetëm në trevat shqiptare. Kanuni i miratuar më 2 korrik 1878 shënonte fitoren e plotë të Lëvizjes Kombëtare Shqiptare në gjirin e Lidhjes së Prizrenit. /Insajderi.com